Plateau technique Biologie Moléculaire

CONTEXTE SCIENTIFIQUE ET OBJECTIFS

Ce plateau technique a pour objectif de mutualiser des technologies et compétences en biologie moléculaire au service des programmes de recherche de l’unité.

Les méthodes mises en œuvre permettent de générer des données génétiques nécessaires à la caractérisation de la biodiversité et aux études de phylogénie et de génétique des populations mais également à l’étude de la structure des génomes, de l’adaptation des organismes, et de la fonction des gènes pour des espèces ou communautés d’intérêt.

Le plateau compte 11 agents permanents et accueille de nombreux étudiants.

Co-animatrices et représentant scientifique
CLAMENS Anne-Laure
Anne-Laure CLAMENS
Technicienne, INRAE
Voir le profil
membre-default
Anne-Laure CLAMENS
Technicienne, INRAE
Voir le profil
SAUNE Laure
Laure SAUNE
Technicienne, INRAE
Voir le profil
membre-default
Laure SAUNE
Technicienne, INRAE
Voir le profil
CASTEL Guillaume
Guillaume CASTEL
Chargé de recherche, INRAE
Voir le profil
membre-default
Guillaume CASTEL
Chargé de recherche, INRAE
Voir le profil
Activités et principaux équipements disponibles

Le plateau bénéficie de 200 m2 de laboratoires dédiés aux différentes activités selon le principe de marche en avant. Les principales activités sont les suivantes :

  • Purification d’acides nucléiques (ARN et ADN) haut débit
    Principaux équipements : Centrifugeuse Sigma 4K15, robot Eppendorf epMotion 5075
  • Amplification par PCR pour le génotypage (microsatellites, RFLP, AFLP) et le séquençage (classique et haut-débit)
    Principaux équipements : thermocycleurs blocs 96 Eppendorf (Mastercycler, epGradient et Nexus) et 384 TProfessional (Biometra)
  • PCR quantitative: mesure de l’expression génique, détection de pathogènes, quantification de cibles
    Principaux équipements : LightCycler 480 (Roche), blocs 96 et 384 puits
  • Préparation de bibliothèques destinées au séquençage haut débit : AmpliconSeq (metabarcoding, métagénomique 16S, génotypage CMH, …), RADseq, RNAseq, Shotgun
  • Contrôle qualité d’acides nucléiques, de produits PCR et de librairies génomiques
    Principaux équipements : cuves d’électrophorèses (Mupid), Bioanalyzer 2100 (Agilent), spectrophotomètre NanoDrop ND8000 (Thermo), fluorimètre Qubit (Invitrogen)
  • Cytogénétique : caryotypage, PRINS, FISH de sondes répétées, BAC-FISH, peinture chromosomique, Zoo-FISH
    Principaux équipements : microscope à fluorescence (Zeiss) couplé à un système d’analyses d’images (Genus, Cytovision)

De part le rattachement du CBGP au LabEx CeMEB (Centre Méditerranéen Environnement et Biodiversité) et au LabEx Agro, les utilisateurs de notre plateau technique bénéficient également de l’accès à des équipements mutualisés sur les plateformes partenaires (séquenceurs capillaires Applied Biosystems, séquenceur Illumina MiSeq, automate d’extraction Thermofisher KingFisher, sonicateur Covaris S220) :

Plateformes labellisées CeMEB

Grand Plateau Technique Régional de Génotypage

Dernières publications
Villette P., Afonso E., Couval G., Levret A., Galan M., Goydadin A.-C., Cosson J.-F. & Giraudoux P. 2020. Spatio-temporal trends in richness and persistence of bacterial communities in decline-phase water vole populations. Scientific Reports 10 : 9506. (https://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-66107-5)
Tournayre O., Leuchtmann M., Filippi-Codaccioni O., Trillat M., Piry S., Pontier D., Charbonnel N. & Galan M. 2020. In silico and empirical evaluation of twelve metabarcoding primer sets for insectivorous diet analyses. Ecology and Evolution 10 : 6310-6332. (https://dx.doi.org/10.1002/ece3.6362)
Stragier C., Piry S., Loiseau A., Kane M., Sow A., Niang Y., Diallo M., Ndiaye A., Gauthier P., Borderon M., Granjon L., Brouat C. & Berthier K. 2020. Interplay between historical and current features of the cityscape in shaping the genetic structure of the house mouse (Mus musculus domesticus) in Dakar (Senegal, West Africa). PCI Ecology bioRxiv 557066, ver 4 : peer-reviewed and recommended by PCI Ecology. ((http://dx.doi.org/10.1101/557066)
Sow A., Seye D., Faye E., Benoit L., Galan M., Haran J. & Brévault T. 2020. Birds and bats contribute to natural regulation of the millet head miner in tree-crop agroforestry systems. Crop Protection 132 : 105127. (https://dx.doi.org/10.1016/j.cropro.2020.105127)
Sow A., Haran J., Benoit L., Galan M. & Brévault T. 2020. DNA Metabarcoding as a tool for disentangling food webs in agroecosystems. Insects 11 : 294. (https://dx.doi.org/10.3390/insects11050294)
Orsucci M., Mone Y., Audiot P., Gimenez S., Nhim S., Nait-Saidi R., Frayssinet M., Dumont G., Boudon J.-P., Vabre M., Rialle S., Koual R., Kergoat G.J., Nagoshi R.N., Meagher R.L., d'Alencon E. & Nègre N. 2020. Transcriptional differences between the two host strains of Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae). PCI Evolutionary Biology bioRxiv 263186, ver. 2 : peer-reviewed and recommended by PCI Evolutionary Biology. ((http://dx.doi.org/10.24072/pci.evolbiol.100102)