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Environnement de travail :

Le Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP) est situé sur le campus de Baillarguet dans le nord de Montpellier, entre Montferrier-sur-Lez et Prades-le-Lez. Il est composé d’environ 90 agents permanents d’INRAE, de l’IRD, du Cirad et de l’Institut Agro Montpellier. Les recherches qui y sont menées s’inscrivent dans le cadre des impacts liés aux arthropodes phytophages attaquant les cultures et les forêts, aux espèces envahissantes et aux réservoirs de zoonoses, qui pèsent sur la sécurité alimentaire, la biodiversité et la santé. Vous intégrerez l’Axe 3 “Écologie et évolution des zoonoses” qui s’attache à mieux comprendre l’écologie et l’évolution des zoonoses ayant pour réservoirs des petits mammifères sauvages tels que les rongeurs, les musaraignes et les chiroptères. En particulier, vous travaillerez avec un collectif de chercheur.e.s, ingénieur.e.s et technicien.nes dans le cadre du projet RoCoCity.

Mission principale :

Les rongeurs prolifèrent dans les socio-écosystèmes urbains où ils peuvent être en contact étroit avec les humains. En plus de dégâts sur les infrastructures et les ressources alimentaires, ces interactions sont susceptibles de favoriser la transmission de pathogènes zoonotiques vers les habitants et les usagers des espaces urbains. Pour ces raisons, les rongeurs sont souvent la cible de campagnes de gestion, généralement létale (i.e., dératisation) dont les conséquences éco-épidémiologiques restent mal connues. L’objectif du projet RoCoCity est d’explorer l’impact potentiel des actions de dératisation sur les dangers zoonotiques liés aux rongeurs dans différents environnements urbains en France et en Afrique (Bénin, Madagascar, Sénégal). Ce projet permettra (i) de décrypter comment les changements (potentiels) induits par la dératisation au sein des communautés de rongeurs réservoirs auront affecté la présence/absence et la (séro)prévalence de pathogènes zoonotiques portés localement par ces derniers, et (ii) d’informer (dans une perspective de gestion durable) les services en charge du contrôle des rongeurs des risques zoonotiques liés à ces espèces.

Sous les responsabilités de Gauthier DOBIGNY (CR IRD , PI RoCoCity) et Nathalie CHARBONNEL (DR INRAE, N+1 de ce contrat), votre mission consistera à (i) à mettre en œuvre des approches bio-statistiques visant à détecter et quantifier les éventuelles variations temporelles observées dans des communautés multi-hôtes (ici, des rongeurs, des insectivores et leurs ectoparasites) et multi-pathogènes (ici, des bactéries, des virus et des parasites zoonotiques) soumises à des perturbations ponctuelles (ici, des campagnes de gestion) ; et (ii) à optimiser des modèles mécanistes permettant de décrire l’impact de ces perturbations sur les communautés.

Activités :

Définition des tâches à accomplir :

• concevoir et implémenter des analyses statistiques robustes pour étudier des séries temporelles de données de diversité (hôtes, réservoirs, vecteurs et agents pathogènes) ainsi que prévalence, d’abondance ou d’intensité selon un protocole BACI (i.e. before/after; control/impact) de dératisation.
• appliquer ces analyses à différents cas d’études (Lyon et Montpellier : jeux de données sur une espèce réservoir, disponibles dès janvier 2026 ; Madagascar : jeu de données sur une communauté d’espèces réservoirs et vectrices, disponibles en mars 2026 ; Bénin et Sénégal : jeux de données sur une communauté d’espèces réservoirs, disponibles vers l’été 2026).
• améliorer et comparer des modèles mécanistes (ex. modèles épidémiques compartimentaux ou individu-centrés) permettant de modéliser l’impact de la dératisation sur la circulation d’agents pathogènes d’intérêt.

Compétences et qualifications :

• Master (Bac+5) ou diplôme d’ingénieur.e en bio-statistiques, écologie quantitative, éco-épidémiologie ou équivalent.
• Solide expérience en modélisation statistique (GLMM, séries temporelles).
• Maîtrise de l’environnement R et de la manipulation de grands jeux de données.
• Connaissances en traitement de données biologiques (biologie des populations : indices d’abondance ; écologie des communautés : indices de diversité).
• Connaissances en éco-épidémiologie et en modèles mécanistes (SEIR, modèles individu-centrés) appréciées.
• Expérience en analyses de réseaux / co-infections appréciée.
• Intérêt marqué pour le travail d’équipe.
• Bonnes compétences en communication scientifique.

Les candidatures doivent être déposées avant le 9 septembre 2025.

Modélisation mécanistico-statistique du processus spatial d’infestation par les ravageurs de cultures à partir de données démographiques et génétiques

Durée : 12 mois à compter de juillet 2025

Descriptif : Comprendre les interactions entre l’hétérogénéité environnementale et les processus démographiques des populations de ravageurs de culture est essentiel pour développer des stratégies de gestion intégrée minimisant les impacts sur la santé humaine et l’environnement. Ce projet postdoctoral vise à développer des modèles mécanistes spatiaux basés sur des équations aux dérivées partielles et d’optimiser les algorithmes d’inférences pour ces modèles. Tout en restant parcimonieux, ces modèles intégreront l’hétérogénéité environnementale en tant que covariables et l’estimation de leurs effets sur les paramètres démographiques (dispersion, croissance) se fera à partir de données d’observation diverses (comptages, génétique) par une approche mécanistico-statistique. Deux stratégies d’inférence seront explorées : les algorithmes de type Monte-Carlo Hamiltonien (HMC) et les réseaux de neurones informés par la physique (PINNs). Ce cadre de modélisation pourrait surmonter les obstacles auxquels les méthodes actuellement disponibles, issues essentiellement de la génétique des populations, sont confrontées : nécessité de ressources génomiques hors de portée pour les organismes non modèles, difficulté à estimer séparément les paramètres de densité/taille et de dispersion, et difficulté à prendre en compte l’hétérogénéité spatiale potentielle des paramètres à l’échelle d’étude. Le modèle biologique sera la mouche orientale des fruits, ravageur majeur de la mangue en Afrique, pour laquelle des suivis spatio-temporels démographiques et génétiques ont été réalisés sur la période 2022-2024 dans le cadre du projet ANR DISLAND. Ce projet permettra d’établir une passerelle entre disciplines de biologie des populations (dynamique des populations, génétique des populations, écologie du paysage) et de mathématiques appliquées (modélisation spatiale, statistique computationnelle) et à termes d’informer les stratégies de gestion agro-écologiques des ravageurs à mener à l’échelle des territoires.

Mots-clés : Agrosystème, Démo-génétique, Dispersion, Espèce invasive, Inférence bayésienne,  Modélisation mécanistico-statistique, Réseaux de neurones, Santé des plantes, Système de réaction-diffusion

Environnement de travail : ce projet postdoctoral se déroulera au sein de l’unité BioSP à Avignon et sera encadré par Julien Papaïx (BioSP, INRAE, Avignon), Karine Berthier (PV/CBGP, INRAE, Avignon/Montpellier) et Marie-Pierre Chapuis (CBGP, CIRAD, Montpellier). Le travail sera mené en collaboration avec Hugo Gangloff et Nicolas Jouvin (INRAE, MIA Paris-Saclay, Palaiseau), développeurs de la librairie python jinns qui sera utilisée pour l’inférence par des PINNs. Des déplacements à Montpellier et Paris Saclay seront organisés pour des réunions d’échanges et des sessions de travail.

La durée du contrat étant de 12 mois, l’équipe d’accueil souhaite étendre le projet postdoctoral au-delà. Si ce souhait est partagé par le ou la candidat·e, des demandes de financements supplémentaires seront déposées (plusieurs pistes sont envisagées).