BOITARD Simon
simon.boitard@inrae.fr
+33 4 99 62 33 70

Simon BOITARD

Research Director, INRAE

Area(s)

Technical platform(s)

Collective responsibility(ies)

Scientific manager of the TP Calculation
Member of the Scientific Council and Bureau of the GDR "Approche Interdisciplinaire en Évolution Moléculaire" (IAME - Interdisciplinary Approach to Molecular Evolution)

Mon projet de recherches concerne le développement de méthodes statistiques permettant de reconstruire l’histoire évolutive d’une espèce à partir de données génomiques haut débit issues d’individus de cette espèce. Un premier volet concerne l’estimation des aspects démographiques (ou neutres) de cette évolution, comme les variations de taille efficace ou la structuration de l’espèce en populations (temps de divergence, flux géniques …). Un deuxième volet concerne la détection de régions du génome dont l’évolution ne résulte pas uniquement de ces processus neutres, mais également de pressions adaptatives. En parallèle de ces travaux génériques, qui peuvent s’appliquer à un grand spectre d’espèces animales et végétales, je m’intéresse plus spécifiquement à la caractérisation et à la prédiction des invasions biologiques et de l’adaptation des insectes ravageurs à leur plante hôte. Je participe notamment aux travaux menés au CBGP sur Drosophila suzukii et Harmonia axyridis.

Mots-clés* : histoire démographique, bases génétiques de l’adaptation, prédiction génomique, invasions biologiques, insectes ravageurs.

Last publications
Arredondo A., Corujo J., Nous C., Boitard S., Chikhi L. & Mazet O. 2025. Exact calculation of the expected SFS in structured populations. Theoretical Population Biology 163 : 50-61. (https://dx.doi.org/10.1016/j.tpb.2025.03.003)
Camus* L., Rode N.O., Serga S., Loiseau A., Chen X., Iampietro C., Kenis M., Marande W., Mensch J., Parinello H., Savic Veselinovic M., Valiere S., Zhang J., Estoup A., Boitard S. & Gautier M. 2025. Adaptive challenges of past and future invasion of Drosophila suzukii: insights from novel genomic resources and statistical methods combining individual and pool sequencing data. Molecular Ecology 34 : e70192. (https://dx.doi.org/10.1111/mec.70192)
Hobolth A., Boitard S., Futschik A. & Leblois R. 2025. A matrix-analytical sampling formula for time-homogeneous coalescent processes under the infinite sites mutation model. Theoretical Population Biology 163 : 62-79. (https://dx.doi.org/10.1016/j.tpb.2025.03.002)
Uhl* M., Bunel* P., de Navascués M., Boitard S. & Servin B. 2025. SelNeTime: a python package inferring effective population size and selection intensity from genomic time series data. PCI Mathematical and Computational Biology na : na. (https://dx.doi.org/10.1101/2024.11.06.622284)
Camus* L., Gautier M. & Boitard S. 2024. Predicting species invasiveness with genomic data: Is genomic offset related to establishment probability?. Evolutionary Applications 17 : e13709. (https://dx.doi.org/10.1111/eva.13709)
Soubeyrand S., Estoup A., Cruaud A., Malembic-Maher S., Meynard C., Ravigné V., Barbier M., Barrès B., Berthier K., Boitard S., Dallot S., Gaba S., Grosdidier M., Hannachi M., Jacques M.A., Leclerc M., Lucas P., Martinetti D., Mougel C., Robert C., Roques A., Rossi J.-P., Suffert F., Abad P., Auger-Rozenberg M.-A., Ay J.S., Bardin M., Bernard H., Bohan D.A., Candresse T., Castagnone-Sereno P., Danchin E.G.J., Delmas C.E.L., Ezanno P., Fabre F., Facon B., Gabriel E., Gaudin J., Gauffre B., Gautier M., Guinat C., Lavigne C., Lemaire O., Martinez C., Michel L., Moury B., Nam K., Nédellec C., Ogliastro M., Papaïx J., Parisey N., Poggi S., Radici A., Rasplus J.-Y., Reboud X., Robin C., Roche M., Rusch A., Sauvion N., Streito J.-C., Verdin E., Walker A.S., Xuéreb A., Thébaud G. & Morris C.E. 2024. Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence. CABI Agriculture and Bioscience 5 : 72. (https://dx.doi.org/10.1186/s43170-024-00273-8)
Boitard S., Liaubet L., Paris C., Feve K., Dehais P., Bouquet A., Riquet J. & Mercat M.J. 2023. Whole-genome sequencing of cryopreserved resources from French Large White pigs at two distinct sampling times reveals strong signatures of convergent and divergent selection between the dam and sire lines. Genetics, Selection, Evolution 55 : 13. (https://dx.doi.org/10.1186/s12711-023-00789-z)
Boitard S., Arredondo A., Chikhi L. & Mazet O. 2022. Heterogeneity in effective size across the genome: effects on the inverse instantaneous coalescence rate (IICR) and implications for demographic inference under linked selection. Genetics 220 : iyac008. (https://dx.doi.org/10.1093/genetics/iyac008)
Fallet M., Montagnani C., Petton B., Dantan L., de Lorgeril J., Comarmond S., Chaparro C., Toulza E., Boitard S., Escoubas J.M., Vergnes A., Le Grand J., Bulla I., Gueguen Y., Vidal-Dupiol J., Grunau C., Mitta G. & Cosseau C. 2022. Early life microbial exposures shape the Crassostrea gigas immune system for lifelong and intergenerational disease protection. Microbiome 10 : 85. (https://dx.doi.org/10.1186/s40168-022-01280-5)
Arredondo A., Mourato B., Nguyen K., Boitard S., Rodríguez W., Noûs C., Mazet O. & Chikhi L. 2021. Inferring number of populations and changes in connectivity under the n-island model. Heredity 126 : 896-912. (https://dx.doi.org/10.1038/s41437-021-00426-9)