Sujet : Génomique de la conservation des amphibiens de Guyane française en proie aux pathogènes émergents
Dates : 1er octobre 2023 – 30 septembre 2026
Directeur : M. Chouteau
Encadrement CBGP : C. Perrier
Université : Université de Guyane
Laboratoire d’accueil : LEEISA, Cayenne
Les amphibiens constituent le taxon de vertébré terrestre le plus menacé dans le monde, confrontés à des pressions croissantes à la fois locales et globales. La mise en œuvre de stratégies de conservation efficaces nécessite une intégration approfondie des connaissances sur la biologie et la démographie des espèces ainsi que des écosystèmes qu’ils occupent. Parmi les menaces émergentes auxquelles elles font face, les maladies infectieuses telles que la chytridiomycose représentent un danger majeur.
Dans la forêt amazonienne de Guyane française, le champignon vecteur de cette maladie, Batrachochytrium dendrobatidis, est régulièrement détecté, infectant une multitude d’espèces. Dendrobates tinctorius, un dendrobate venimeux endémique de l’est du Bouclier guyanais, ne fait pas exception. Reconnue comme espèce sentinelle pour la surveillance du chytride, D. tinctorius présente une coloration aposématique remarquablement variable, contribuant à une forte structuration phénotypique à une échelle géographique extrêmement fine. Cette diversité constitue une fenêtre privilégiée sur de nombreux processus évolutifs qui font encore l’objet de questionnements scientifiques. Préserver ces populations apparaît donc essentiel, non seulement en raison de la valeur intrinsèque représentée par cette biodiversité remarquable, mais également pour approfondir notre compréhension des dynamiques évolutives qui façonnent la vie hyperdiversifiée des Néotropiques
L’objectif de cette thèse est de s’appuyer sur les suivis à long terme de la prévalence du chytride au sein des populations de D. tinctorius pour comprendre les dynamiques de cette infection et le rôle des paramètres environnementaux. Le séquençage génomique de 192 individus de D. tinctorius
provenant de l’ensemble de la Guyane française permettra de mieux comprendre la structuration génétique de cette population, composante essentielle pour garantir le bon état de conservation de cette espèce au long terme. Enfin, la caractérisation de la communauté de pathogènes présent chez différentes populations de cette espèce en mobilisant des outils de métagénomique permettra d’identifier de potentiels pathogènes à intégrer dans la stratégie de biosurveillance des amphibiens et d’identifier les facteurs déterminant la diversité de ces communautés. L’ensemble de ces résultats contribuera à l’élaboration de stratégies de conservation robustes, fondées sur des données scientifiques, pour protéger les amphibiens des Néotropiques face aux la menaces croissante auxquels ils font face.
