Nos travaux portent principalement sur les rongeurs, les insectivores et les chiroptères sauvages, ainsi que sur les agents zoonotiques dont ces espèces sont des réservoirs. Nous développons des approches intégratives en considérant l’ensemble des organismes associés aux petits mammifères – ectoparasites vecteurs, microbiote – susceptibles d’influencer leur état de santé et les processus de transmission infectieuse.
Nous étudions également les facteurs environnementaux et anthropiques qui modulent les risques zoonotiques et, plus largement, la santé des socio-écosystèmes. Nos principaux terrains d’étude se situent en France, en Afrique de l’Ouest et à Madagascar, dans des contextes urbains et non urbains soumis à des changements environnementaux rapides.
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Inscrites dans un continuum EcoHealth-One Health, nos recherches explorent les mécanismes écologiques qui façonnent les risques zoonotiques. |
Nos recherches visent à caractériser les communautés de petits mammifères, les parasites et agents pathogènes qu’ils hébergent, leurs microbiotes ainsi que les environnements dans lesquels ils évoluent, afin d’identifier les facteurs influençant la transmission de zoonoses. Plus largement, nous cherchons à mieux comprendre les relations entre biodiversité, changements environnementaux et santé.
Nos travaux reposent sur des suivis de populations naturelles à moyen et long termes, menés dans des sites urbains et non-urbains, en France et au Sud (voir la « Base Petits Mammifères » – BPM), dont plusieurs sont intégrés à l’observatoire ObsMiCE. Ces sites ateliers permettent d’analyser les dynamiques temporelles des communautés en réponse à différentes perturbations, telles que des opérations de contrôle des populations ou de gestion des milieux, l’émergence d’agents pathogènes ou l’introduction d’espèces exotiques.
Nous développons également des approches non invasives fondées notamment sur l’ADN environnemental (ADNe), afin de caractériser la biodiversité tout en limitant notre impact sur la faune sauvage et en améliorant la détection des espèces rares ou difficiles à capturer.
Enfin, nous mobilisons un large éventail d’outils moléculaires et sérologiques, dont certains développés au sein de notre collectif, pour détecter et caractériser les parasites et agents pathogènes associés aux petits mammifères. Des collaborations en géographie et en sciences humaines et sociales nous permettent de décrire finement les socio-environnements étudiés.
Les processus écologiques et évolutifs jouent un rôle central dans la santé des petits mammifères, leur capacité à héberger et transmettre des agents pathogènes, et par conséquent leur rôle de sentinelles de l’état de santé des écosystèmes. Nos recherches visent à comprendre comment les changements environnementaux influencent l’immunité, le microbiote, et la dynamique des populations de petits mammifères, ainsi que les conséquences de ces modifications sur la circulation des agents infectieux.
À l’interface entre écophysiologie et écologie de la santé, des approches d’éco-immunologie permettent d’explorer les mécanismes éco-évolutifs qui conditionnent la sensibilité, la résistance et la compétence en tant que réservoir des petits mammifères vis-à-vis des agents pathogènes. Nous étudions pour cela la variabilité des réponses immunitaires et son évolution face aux perturbations environnementales (invasion, pollution, …).
Nos travaux portent aussi sur les variations du microbiote intestinal le long de gradients environnementaux, notamment d’urbanisation, afin de mieux comprendre les liens entre composition du microbiote intestinal, santé et transmission infectieuse.
En mobilisant des approches de génétique du paysage et d’épidémiologie, nous analysons comment les changements environnementaux affectent la dispersion et la connectivité des populations réservoirs, et influencent ainsi la circulation des agents infectieux entre faune sauvage, animaux domestiques et populations humaines.
Enfin, nous étudions le rôle des petits mammifères comme « hubs biotiques », à partir desquels de nouveaux agents pathogènes pourraient émerger.
Nos recherches à visée opérationnelle portent sur les effets sanitaires et socio-économiques des changements anthropiques, qu’ils soient liés à la mondialisation des échanges, à l’urbanisation, à l’artificialisation des milieux ou encore aux actions de restauration des écosystèmes. Nous nous intéressons en particulier à leurs conséquences sur les interactions entre petits mammifères, agents pathogènes et sociétés humaines.
Une attention particulière est accordée aux perceptions locales du risque sanitaire, aux pratiques de gestion et aux dispositifs de gouvernance sanitaire, au Nord comme au Sud. Ces recherches s’inscrivent pleinement dans une démarche « One Health », à l’interface entre écologie, santé publique et aménagement durable des territoires. En collaboration avec des partenaires issus de différentes disciplines, nous développons des approches visant à prédire les risques zoonotiques dans des contextes socio-écologiques ciblés.
Cette ambition opérationnelle se traduit par le développement et le suivi de dispositifs de surveillance et de contrôle des risques zoonotiques co-construits avec les acteurs locaux. La Plateforme Portuaire de Surveillance Environnementale du Port de Cotonou (PPSE) en constitue un exemple emblématique.
Les recherches menées dans l’axe « Écologie de la santé et petits mammifères » visent ainsi à accompagner les politiques publiques et les collectivités territoriales dans l’intégration des enjeux écologiques et sanitaires, en s’appuyant sur des partenariats non académiques solides, en France comme dans les pays du Sud.
Porteuse du projet : Nathalie Charbonnel
Bailleur : European union (HORIZON RIA, call HORIZON-CL6-2021-BIODIV-01-11)
Le projet BEPREP vise à identifier les stratégies de restauration écologique à bénéfice réciproque pour la biodiversité et la santé afin de promouvoir, à terme, des ‘solutions basées sur la nature’ comme outils majeurs de prévention des épidémies zoonotiques.
https://www.beprep-project.eu/
Porteurs du projet : Gauthier Dobigny & Florent Sebbane (Institut Pasteur, Lille)
Bailleur : PEPR Maladies Infectieuses Emergentes
Le projet DEBS-Plague vise à réunir des historiens, des archéologues, des biologistes, des pédologues et des mathématiciens afin d’étudier le rôle respectif de la diversité des réservoirs animaux et des vecteurs (puces), de l’évolution du génome bactérien et des caractéristiques physico-chimiques du sol dans le risque de (ré)implantation, de circulation et de (ré)apparition de la peste sur le territoire français, en prenant Madagascar comme région endémique de référence.
Porteur du projet : Christophe Diagne
Bailleur : Agence Nationale de la Recherche (ANR)
ECOZOON vise à comprendre les mécanismes d’exposition humaine aux maladies infectieuses transmises par les rongeurs et à développer des solutions scientifiques pour une transition urbaine durable et résiliente aux zoonoses transmises par les rongeurs dans le Nord du Sénégal. À l’interface de l’anthropologie de la santé, de la géographie urbaine, de l’écologie de la santé intégrative et de la modélisation participative, ECOZOON adopte une approche intégrative et comparative à travers 10 localités soigneusement sélectionnées pour refléter le spectre des paysages ruraux à urbains dans le Nord du Sénégal. Les objectifs spécifiques sont les suivants : (i) améliorer notre compréhension des liens entre facteurs socio-environnementaux, écologie des rongeurs et risques zoonotiques lors des transitions urbaines ; (ii) étudier, pour la première fois dans des populations naturelles, les relations entre co-infections multiples, réponses immunitaires et exposition aux contaminants environnementaux ; et (iii) contribuer à l’identification de mesures localement adaptées et réalisables pour les décideurs urbains, les opérateurs de santé publique, et les communautés locales.
Porteurs du projet : Gauthier Dobigny & Karine Mouline (IRD, UMR Mivegec)
Bailleur : Défi Clé Riv’Oc
EctoPeste vise à établir la preuve de concept de l’efficacité et les conditions optimales de formulation d’appâts pour rongeurs enrichis avec un insecticide systémique destiné à lutter contre leur puce Xenopsyllla cheopis, vecteur principal de la peste à Madagascar.
Porteur du projet : Guillaume Castel
Bailleur : PNR Est (ANSES)
HANTARIS a pour objectif d’étudier la circulation de l’hantavirus virus Séoul chez le rat dans la ville portuaire de Cotonou (Bénin). La variabilité génétique des souches détectées sera caractérisée et d’éventuelles contaminations humaines seront recherchées chez les travailleurs du port.
Porteuse du projet : Nathalie Charbonnel
Bailleur : ExposUM
Ce projet propose une étude intégrative de l’exposome associé aux leptospires, en intégrant les dimensions humaines, animales (ragondin et chien) et environnementales. L’étude se concentrera sur les bassins versants du Lez et de l’Or sur la métropole de Montpellier, territoires urbains et périurbains où les interactions entre humains, chiens et ragondins sont fréquentes et peu étudiées. L’ambition est de clarifier le rôle de chaque compartiment dans la circulation des leptospires, d’identifier les facteurs de risque d’exposition, et de fournir des éléments pour la prévention.
Porteur du projet : Carine Brouat & Franck Prugnolles, IRL REHABS
Bailleur : ANR
Le projet MICETRAL vise à comprendre comment des parasites de la malaria murine peuvent avoir changé d’hôte (et être passés d’un rongeur natif à un rongeur exotique envahissant : la souris domestique au Gabon). Suite à des problèmes d’échantillonnages des parasites, le projet se recentre actuellement sur l’étude de la dynamique d’invasion de la souris domestique en Afrique, et ses conséquences sanitaires.
Porteurs du projet : J. Louvrier (contacter Julien Pradel & Nathalie Charbonnel)
Bailleur : Univ. Montpellier, INRAE-SA
Ce projet vise à évaluer les dynamiques de biodiversité, de circulation des pathogènes et de leurs vecteurs dans et autour d’élevages ovins domestiques situés le long d’un gradient d’urbanisation dans la région de Montpellier. À travers l’installation de pièges caméras, la collecte d’échantillons biologiques (sang, fèces, arthropodes vecteurs), et l’analyse de ces derniers pour détecter les pathogènes, nous explorerons les interactions faune sauvage-élevage et leurs implications sanitaires. Le projet se déroulera sur deux ans dans six élevages ovins.
Porteurs du projet : Gauthier Dobigny
Bailleur : Agence Nationale de la Recherche (AAP 2024)
La peste est endémique à Madagascar où elle est généralement considérée comme une maladie essentiellement rurale. Pourtant, des cas récurrents de peste bubonique humaine dans les villes malgaches suggèrent l’existence possible d’un cycle urbain de la maladie, ce qui pourrait ouvrir la porte à de futures épidémies de grande ampleur et difficilement contrôlables. Malheureusement, aucune étude des facteurs suspectés d’influencer fortement la persistance et l’émergence de la peste dans les campagnes malgaches n’a jamais été menée en milieu urbain.
En regroupant des équipes du CBGP, de SESSTIM, de TETIS et des Instituts Pasteur de Paris et de Madagascar, PLAY-MAD se propose de faire dialoguer l’écologie de la santé, la génomique des populations, la bactériologie et la géographie pour produire la première évaluation du risque pesteux au sein d’un socio-écosystème urbain, en l’occurrence à d’Antananarivo, la capitale de la Grande Ile.
Porteur du projet : Gauthier Dobigny
Bailleur : Enabel (Belgique) & Port Autonome de Cotonou
En Afrique, les données sur les enjeux socio-environnementaux et économiques liées aux espèces envahissantes restent lacunaires, et l’implication des opérateurs socio-économiques et des décideurs politiques est faible, voire inexistante. Néanmoins, à Cotonou (Bénin), des travaux pluridisciplinaires menés en collaboration entre scientifiques français et béninois ont permis de mettre en avant des informations sanitaires, juridiques et économiques, de documenter les risques et de proposer des recommandations pratiques pour une meilleure gestion environnementale de l’environnement portuaire, notamment en matière d’invasions biologiques.
Devant ce constat, les autorités du Port Autonome de Cotonou (PAC) se sont engagées dans un processus partenarial avec la recherche française (IRD), béninoise (UAC, CREC) et internationale (IITA) visant la mise en place de la première Plateforme Portuaire de Surveillance Environnementale (PPSE) en Afrique au bénéfice des activités portuaires et des populations. Les missions de la PPSE, assurées par une équipe de jeunes chercheurs béninois, consistent en :
Porteurs du projet : Laurent Granjon & Christophe Diagne
Bailleur : Agence française de développement (AFD)
L’objectif général est de co-construire localement un système d’information intégré pour contribuer à identifier, réduire et prévenir les épisodes d’émergence et de propagation des maladies zoonotiques à l’interface homme-animal-environnement, tout en prenant en compte l’impact socio-économique et la durabilité des solutions identifiées.
Porteur du projet : Gauthier Dobigny
Bailleur : ANR et Région Occitanie via l’Institut Expos’UM
Le projet RoCoCity vise à étudier les effets de la gestion des rongeurs sur les variations spatiales et temporelles de l’exposome zoonotique à travers plusieurs études de cas menées dans des socio-écosystèmes urbains français (zoos de Montpellier et de Lyon) et africains (marchés urbains au Sénégal et à Madagascar ; un port maritime international au Bénin).
Porteur du projet : Djelouadji Zorée (contacter Nathalie Charbonnel)
Bailleur : DGAL – Ecoantibio
Ce projet a pour objectif d’étudier le portage de Bactéries Multi-Résistantes (BMR) chez les rongeurs présents en milieu urbain, dans le cadre d’une approche One Health territorialisée (Lyon métropole). Plus spécifiquement, il permettra d’analyser d’une part le potentiel des rongeurs comme réservoirs, sentinelles, vecteurs et hubs évolutifs des BMR, et d’autre part d’évaluer l’intérêt de la mise en place d’une surveillance chez ces espèces au regard des patrons de BMR détectés chez les humains, les chiens et l’environnement sur les mêmes sites d’étude. Enfin, il permettra d’acquérir de nouvelles connaissances sur la dynamique de transmission et/ou de diffusion de l’antibiorésistance.
Porteur du projet : Gauthier Dobigny
Financement : GESCOD (AFD, coopération décentralisée)
Le projet « Santé et Environnement à Mahajanga » (SEM) s’inscrit dans le cadre de la coopération décentralisée entre la ville de Mulhouse et la Commune urbaine de Mahajanga, via le réseau multi-acteurs Grand Est Solidarités et Coopérations pour le Développement (GESCOD). Il vise l’amélioration de la santé des habitants de Mahajanga et la protection de leur environnement par la consolidation des politiques d’assainissement, le soutien aux établissements de santé et la promotion de la sécurité civile.
Ce projet s’inscrit dans le prolongement du projet ASSMA (Assainissement à Mahajanga) entrepris entre 2013 et 2018 et qui consistait à la mise en place d’infrastructure d’assainissement et l’évaluation de l’impact des installations en termes de santé publique. Pour la présente étude, un volet recherche-action (vRA) sera mené par l’Institut Pasteur de Madagascar et ses partenaires institutionnels (Université d’Antananarivo, IRD et CIRAD). Le vRA-SEM consiste en la réalisation d’un monitoring des effets sur les populations cibles des actions engagées dans le cadre du projet SEM.
