Sujet : Transposable Elements (TEs) as witnesses and actors of Coffea canephora‘s resilience potential
Dates : 1er novembre 2025 – 31 octobre 2028
Encadrement CBGP : C. Meynard

Ce projet de doctorat vise à élucider le potentiel évolutif et adaptatif du caféier robusta Coffea canephora en intégrant des modèles de distribution des espèces (SDM), des inférences démographiques et des analyses de sélection afin d’évaluer le rôle des éléments transposables (ET) dans l’adaptation environnementale. Les ET jouent un rôle clé dans l’évolution du génome et la régulation des gènes, mais leur contribution à l’adaptation des plantes reste mal comprise. En combinant des données environnementales et génomiques, cette étude examinera comment les variations climatiques passées et présentes ont influencé l’activité des ET et la diversité génétique des populations sauvages et cultivées de C. canephora.

Ce projet fait suite à une collaboration de longue durée avec l’UMR DIADE sur l’adaptation des plantes de café aux changements climatiques. La thèse sera co-encadrée au CBGP par Christine Meynard, et à DIADE par Yann Bourgeois, Rémi Tournebize et Valérie Poncet. Jasmine passera une partie de son temps dans les deux UMRs. Christine Meynard s’occupera de l’encadrement autour de la macroécologie et la modélisation des aires de répartition et Jasmine profitera des échanges avec les collègues du CBGP mieux versés sur la génomique et génétiques des populations.