BOITARD Simon
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Simon BOITARD

Directeur de recherche, INRAE

Axe(s)

Plateau(x) technique(s)

Responsabilité(s) collective(s)
Responsable scientifique PT Calcul
Membre du Conseil Scientifique et du Bureau du GDR Approche Interdisciplinaire en Evolution Moléculaire (AIEM)

Mon projet de recherches concerne le développement de méthodes statistiques permettant de reconstruire l’histoire évolutive d’une espèce à partir de données génomiques haut débit issues d’individus de cette espèce. Un premier volet concerne l’estimation des aspects démographiques (ou neutres) de cette évolution, comme les variations de taille efficace ou la structuration de l’espèce en populations (temps de divergence, flux géniques …). Un deuxième volet concerne la détection de régions du génome dont l’évolution ne résulte pas uniquement de ces processus neutres, mais également de pressions adaptatives. En parallèle de ces travaux génériques, qui peuvent s’appliquer à un grand spectre d’espèces animales et végétales, je m’intéresse plus spécifiquement à la caractérisation et à la prédiction des invasions biologiques et de l’adaptation des insectes ravageurs à leur plante hôte. Je participe notamment aux travaux menés au CBGP sur Drosophila suzukii et Harmonia axyridis.

 

Mots-clés* : histoire démographique, bases génétiques de l’adaptation, prédiction génomique, invasions biologiques, insectes ravageurs.

Dernières publications
Boitard S., Liaubet L., Paris C., Feve K., Dehais P., Bouquet A., Riquet J. & Mercat M.J. 2023. Whole-genome sequencing of cryopreserved resources from French Large White pigs at two distinct sampling times reveals strong signatures of convergent and divergent selection between the dam and sire lines. Genetics, Selection, Evolution 55 : 13. (https://dx.doi.org/10.1186/s12711-023-00789-z)
Boitard S., Arredondo A., Chikhi L. & Mazet O. 2022. Heterogeneity in effective size across the genome: effects on the inverse instantaneous coalescence rate (IICR) and implications for demographic inference under linked selection. Genetics 220 : iyac008. (https://dx.doi.org/10.1093/genetics/iyac008)
Fallet M., Montagnani C., Petton B., Dantan L., de Lorgeril J., Comarmond S., Chaparro C., Toulza E., Boitard S., Escoubas J.M., Vergnes A., Le Grand J., Bulla I., Gueguen Y., Vidal-Dupiol J., Grunau C., Mitta G. & Cosseau C. 2022. Early life microbial exposures shape the Crassostrea gigas immune system for lifelong and intergenerational disease protection. Microbiome 10 : 85. (https://dx.doi.org/10.1186/s40168-022-01280-5)
Arredondo A., Mourato B., Nguyen K., Boitard S., Rodríguez W., Noûs C., Mazet O. & Chikhi L. 2021. Inferring number of populations and changes in connectivity under the n-island model. Heredity 126 : 896-912. (https://dx.doi.org/10.1038/s41437-021-00426-9)
Ouhrouch A., Boitard S., Boyer F., Servin B., Da Silva A., Pompanon F., Haddioui A. & Benjelloun B. 2021. Genomic uniqueness of local sheep breeds from Morocco. Frontiers in Genetics 12 : 23599. (https://dx.doi.org/10.3389/fgene.2021.723599)