Plateau technique Calcul et Gestion des données

Le CBGP est un centre de recherche reconnu notamment pour son expertise en développement et application de méthodes dédiées à l’analyse, la simulation et la modélisation de grands jeux de données biologiques (p. ex. séquençage haut-débit, imagerie, données satellitaires ou environnementales).

Cette expertise s’appuie en partie sur une infrastructure performante de calcul et de gestion des données, permettant le traitement, le stockage sécurisé et la valorisation de volumes importants de données scientifiques. Le plateau constitue ainsi un support aux activités de recherche nécessitant des ressources de calcul mutualisées et des capacités de stockage fiables et pérennes.

Nathalie VIEIRA

Ingénieure d'étude, INRAE

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Nathalie VIEIRA

Ingénieure d'étude, INRAE

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Sylvain PIRY

Ingénieur de recherche, INRAE

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Sylvain PIRY

Ingénieur de recherche, INRAE

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Pierre NOUHAUD

Chargé de recherche, INRAE

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Pierre NOUHAUD

Chargé de recherche, INRAE

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Principaux équipements

Le plateau technique Calcul et Gestion des données dispose :

d’une salle climatisée dédiée hébergeant l’ensemble des infrastructures informatiques sur site ;
d’un cluster de calcul comprenant actuellement 6 noeuds, chacun équipé de 16 CPUs et 128 Gb de mémoire vive, avec ordonnancement de tâches et gestion des ressources via Slurm ;
d’un espace de stockage distribué reposant sur un système de fichiers Ceph, offrant une capacité supérieure à 100 To pour les traitements et analyses de données ;
d’une infrastructure de stockage sécurisé DataVault d’une capacité de 80 To, reposant sur un serveur Alletra 4120 et avec réplication quotidienne externalisée au CINES de Montpellier via la technologie StorageGRID, garantissant la pérennité et la sécurisation des données scientifiques brutes produites au sein de l’unité ;
d’un serveur de bases de données PostgreSQL/PostGIS (HP ProLiant DL380, 256Go RAM, 16To storage) pour le stockage centralisé, la structuration et le partage des données de recherches par thématiques ou par projets.

Uhl* M., Bunel* P., de Navascués M., Boitard S. & Servin B. 2025. SelNeTime: a python package inferring effective population size and selection intensity from genomic time series data. PCI Mathematical and Computational Biology na : na. (https://dx.doi.org/10.1101/2024.11.06.622284)

Grimm V., Berger U., Calabrese J.M., Cortés-Avizanda A., Ferrer J., Franz M., Groeneveld J., Hartig F., Jakoby O., Jovani R., Kramer-Schadt S., Münkemüller T., Piou C., Premo L.S., Pütz S., Quintaine T., Rademacher C., Rüger N., Schmolke A., Thiele J.C., Touza J. & Railsback S.F. 2025. Using the ODD protocol and NetLogo to replicate agent-based models. Ecological Modelling 501 : 110967. (https://dx.doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2024.110967)

Charbonnel* E., Benoit L., Nidelet S., Ortega-Abboud E., Gschloessl B., Leblois R., Ouvrard D. & Chapuis M.-P. 2025. Optimization and evaluation of the bestRAD sequencing approach: towards ascertainment of the invasion routes of the oriental fruit fly, Bactrocera dorsalis. Molecular Ecology Resources 25 : e14114. (https://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.14114)

Sorel M., Gay P.-E., Vernier* C., Cissé S. & Piou C. 2024. Upwind flight partially explains the migratory routes of locust swarms. Ecological Modelling 489 : 110622. (https://dx.doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2024.110622)

Diouf* E., Brevault T., Ndiaye S. & Piou C. 2024. Exploration of the potential of a boosted sterile insect technique to control fruit flies in mango orchards. Pest Management Science 80 : 5212-5223. (https://dx.doi.org/10.1002/ps.8248)

Caumette* C., Diatta P., Piry S., Chapuis M.-P., Faye E., Sigrist F., Martin O., Papaïx J., Brévault T. & Berthier K. 2024. Hierarchizing multi-scale environmental effects on agricultural pest population dynamics: a case study on the annual onset of Bactrocera dorsalis population growth in Senegalese orchards. Peer Community Journal 4 : e65. (https://dx.doi.org/10.24072/pcjournal.438)