Plateau technique Biologie Moléculaire

CONTEXTE SCIENTIFIQUE ET OBJECTIFS

Ce plateau technique a pour objectif de mutualiser des technologies et compétences en biologie moléculaire au service des programmes de recherche de l’unité.

Les méthodes mises en œuvre permettent de générer des données génétiques nécessaires à la caractérisation de la biodiversité et aux études de phylogénie et de génétique des populations mais également à l’étude de la structure des génomes, de l’adaptation des organismes, et de la fonction des gènes pour des espèces ou communautés d’intérêt.

Le plateau compte 13 agents permanents et accueille de nombreux étudiants.

Co-animatrices et représentant scientifique
CLAMENS Anne-Laure
Anne-Laure CLAMENS
Technicienne, INRAE
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Anne-Laure CLAMENS
Technicienne, INRAE
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NIDELET Sabine
Sabine NIDELET
Technicienne, INRAE
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Sabine NIDELET
Technicienne, INRAE
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ALLIO Rémi
Rémi ALLIO
Chargé de recherche, INRAE
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Rémi ALLIO
Chargé de recherche, INRAE
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Activités et principaux équipements disponibles

Le plateau bénéficie de 200 m2 de laboratoires dédiés aux différentes activités selon le principe de marche en avant. Les principales activités sont les suivantes :

  • Purification d’acides nucléiques (ARN et ADN) haut débit
    Principaux équipements : Centrifugeuse Sigma 4K15, robot Eppendorf epMotion 5075
  • Amplification par PCR pour le génotypage (microsatellites, RFLP, AFLP) et le séquençage (classique et haut-débit)
    Principaux équipements : thermocycleurs blocs 96 Eppendorf (Mastercycler, epGradient et Nexus) et 384 TProfessional (Biometra)
  • PCR quantitative: mesure de l’expression génique, détection de pathogènes, quantification de cibles
    Principaux équipements : LightCycler 480 (Roche), blocs 96 et 384 puits
  • Préparation de bibliothèques destinées au séquençage haut débit : AmpliconSeq (metabarcoding, métagénomique 16S, génotypage CMH, …), RADseq, RNAseq, Shotgun
  • Contrôle qualité d’acides nucléiques, de produits PCR et de librairies génomiques
    Principaux équipements : cuves d’électrophorèses (Mupid), Bioanalyzer 2100 (Agilent), spectrophotomètre NanoDrop ND8000 (Thermo), fluorimètre Qubit (Invitrogen)
  • Cytogénétique : caryotypage, PRINS, FISH de sondes répétées, BAC-FISH, peinture chromosomique, Zoo-FISH
    Principaux équipements : microscope à fluorescence (Zeiss) couplé à un système d’analyses d’images (Genus, Cytovision)

De part le rattachement du CBGP au LabEx CeMEB (Centre Méditerranéen Environnement et Biodiversité) et au LabEx Agro, les utilisateurs de notre plateau technique bénéficient également de l’accès à des équipements mutualisés sur les plateformes partenaires (séquenceurs capillaires Applied Biosystems, séquenceur Illumina MiSeq, automate d’extraction Thermofisher KingFisher, sonicateur Covaris S220) :

Plateformes labellisées CeMEB

Grand Plateau Technique Régional de Génotypage

Dernières publications du plateau
Zaid* R., Zaid R., Brahimi A., Merdas M., Djazouli Z.E. & Gauthier N. 2026. Chemical composition and aphicidal activity of Santolina africana essential oil: a new opportunity in Aphis gossypii management?. International Journal of Tropical Insect Science 46 : 309-320. (https://dx.doi.org/10.1007/s42690-025-01681-7)
Veillat L., Cocquempot C., Streito J.-C., Pierre E., Genson G., Rasplus J.-Y., Cruaud A., Touroult J., Roques A., Courtial B., Roux G. & Lopez-Vaamonde C. 2026. From traps to taxa: building a robust DNA barcode reference library for the early detection of invasive Cerambycidae. Ecology and Evolution 16 : e73626. (https://dx.doi.org/10.1002/ece3.73626)
Ratto F., Steward P., Sait S.M., Haran J., Gaigher R., Pryke J.S., Samways M.J. & Kunin W. 2026. Floral resource strips enhance parasitoid abundance and diversity in apple orchards and promote agroecological advances in a South African biosphere reserve. Insect Conservation and Diversity 19 : 559-572. (https://dx.doi.org/10.1111/icad.70041)
Penel* B., Genty L., Marty C., Bourdonné A., Clamens A.-L., Benoit L., Soldati L., Migeon A., Kergoat G.J., Haran J., Fried G. & Meynard C. 2026. Beetle communities in agricultural landscapes: relative influences of climate, landscape, plant communities and agricultural practices. Agriculture, Ecosystems & Environment 400 : 110252. (https://dx.doi.org/10.1016/j.agee.2026.110252)
Palmieri L., Rodriguez* L.J., van Noort S., Cruaud A., Pereira R.A.S. & Rasplus J.-Y. 2026. From figs to acorns: Early specialization and host shifts shaped the global radiation of Curculionini weevils (Coleoptera: Curculionidae). Systematic Entomology 51 : e70050. (https://dx.doi.org/10.1111/syen.70050)
Haran J., Zelvelder* B., Archange Boupoya C., Couvreur T.L.P., Niangadouma R., Benoit L., Kergoat G.J., Buatois B., Dufäy M., Kojima H. & Allio R. 2026. New species of Endaeus Schoenherr, 1826 (Curculionidae: Curculioninae: Ochyromerini) associated with Annonaceae and Clusiaceae. European Journal of Taxonomy 1039 : 165–198. (https://dx.doi.org/10.5852/ejt.2026.1039.3185)