Sujet : Génomique des populations comparée de réservoirs de la peste à l’échelle de la ville d’Antananarivo, Madagascar
Dates : 1er août 2026 – 31 janvier 2028
Responsables CBGP : C. Bouat & G. Dobigny
Financement : ANR PLAY-MAD

L’objectif principal de ce second post-doctorat est d’étudier la dynamique spatiale des populations de réservoirs de la peste (Yersinia pestis) à Antananarivo, afin de mieux comprendre les modalités de circulation de la maladie à l’échelle de la ville. En s’appuyant sur une approche de génomique des populations basée sur des marqueurs RADseq, il s’agira de comparer les structures génétique spatiales des populations de 3 espèces de rongeurs (Mus musculus, Rattus rattus et Rattus norvegicus) et d’une espèce de musaraigne (Suncus murinus) à une échelle spatiale fine, et de quantifier les flux de gènes entre les populations urbaines et celles des zones rurales environnantes.

Daniel sera en charge des analyses bio-informatiques et de génomique des populations à partir de données de séquençage déjà obtenues. Ces travaux permettront notamment de caractériser la connectivité entre populations de réservoirs en milieu urbain et non urbain, et ainsi de tester l’hypothèse de l’existence d’un cycle de peste spécifique aux environnements urbains.